FAQs

Q1. 如何删除分子中的Atom Map ID 信息？

A1. 借助于atom的ClearProp方法可以删除指定定属性的信息

示例代码：

from rdkit import Chem
smi='[CH3:1][C:2]([N:4]([C:9](=[O:10])[CH3:8])[CH2:5][CH2:6][NH2:7])=[O:3]'
m=Chem.MolFromSmiles(smi)
for a in m.GetAtoms():
    a.ClearProp('molAtomMapNumber')
# [a.ClearProp('molAtomMapNumber') for a in m.GetAtoms()]
newsmi = Chem.MolToSmiles(m)
print(newsmi)

输出：

CC(=O)N(CCN)C(C)=O

Q2. 如何显示分子的kekulize的smiles形式？

RDKit 默认会计算分子的芳香性，因此要想输出分子的kekulize的smiles，需要删除分子中的芳香性信息。 然后再输出smiles。

示例如下：

from rdkit import Chem
mol = Chem.MolFromSmiles('C=Cc1ccccc1')
smi1 = Chem.MolToSmiles(mol,kekuleSmiles=True)
Chem.Kekulize(mol, clearAromaticFlags=True)
smi2 = Chem.MolToSmiles(mol,kekuleSmiles=True)
print("smi1",smi1)
print("smi2",smi2)

输出：

smi1 C=CC1:C:C:C:C:C:1
smi2 C=CC1=CC=CC=C1

Q3. 如何批量计算ECFP4指纹的01字符串形式？

参考脚本如下：

from rdkit import Chem
from rdkit.Chem import AllChem
from tqdm import tqdm
fh = open('smiles.csv')
fw = open('smiles_ecfp4.csv','w')

for line in tqdm(fh.readlines()[0:]):
    name,smi=line.strip().split(',')
    #print(smi)
    m1 = Chem.MolFromSmiles(smi)
    #print(m1)
    if m1:
        ecfp4 = AllChem.GetMorganFingerprintAsBitVect(m1, radius=2, nBits=2048)
        ecfp4bit= ecfp4.ToBitString()
    else:
        ecfp4bit='None'
    newline="%s,%s,%s\n"%(name,smi,ecfp4bit)
    fw.write(newline)

fw.close()

Q4. 如何根据化合物的原子ID提取化合物的片段？

示例分子如下：

from rdkit import Chem
smi = 'O=C(OC)C1=CC=CC=C1'
mol = Chem.MolFromSmiles(smi)
for atom in mol.GetAtoms():
    atom.SetProp('atomLabel',str(atom.GetIdx()))
mol

输出：

我们希望提取苯环的片段，原子ID是4-9.

代码如下：

from rdkit.Chem import AllChem
fragsmi= AllChem.MolFragmentToSmiles(mol,[4,5,6,7,8,9])
fragmol=Chem.MolFromSmiles(fragsmi)
fragmol

Q5. 如何显示H的同位素为DT?

示例代码：

import rdkit
from rdkit import Chem
from rdkit.Chem import AllChem
from rdkit.Chem.Draw import MolsToGridImage
smi='[3H]C1=C([2H])C(C2=C(B(O)O)C=CC(Cl)=C2)=CC(O)=C1'
mol=Chem.MolFromSmiles(smi)
mol1=Chem.MolFromSmiles(smi)

for atom in mol.GetAtoms():
    if(atom.GetIsotope()==3):
        atom.SetProp('atomLabel','T')
    if(atom.GetIsotope()==2):
        atom.SetProp('atomLabel','D')
MolsToGridImage([mol1,mol])

输出：