常用小技巧888

1. 如何在Jupyter NoteBook 中直接显示分子对象为结构图片

from rdkit.Chem.Draw import IPythonConsole #Needed to show molecules
mol

from IPython.display import display
for mol in mols:
    display(mol)

2. RDKit如何给复杂分子绘制漂亮的2D结构？

建议更新RDKit版本，同时指定开启新的2D坐标产生的算法。 默认采用的是schrodinger中的2D 算法。

from rdkit.Chem import rdDepictor
rdDepictor.SetPreferCoordGen(True)
Chem.MolFromSmiles('CC1CCC2C(C(=O)OC3C24C1CCC(O3)(OO4)C)C')

参考： https://github.com/rdkit/rdkit/issues/2960

3. 如何按照表格方式绘制多个分子？

绘制多个分子的时候推荐 Draw.MolsToGridImage 方法, 图片清晰，布局美观。

from rdkit import Chem
smi='[CH3:1][C:2]([N:4]([C:9](=[O:10])[CH3:8])[CH2:5][CH2:6][NH2:7])=[O:3]'
mol=Chem.MolFromSmiles(smi)
# display(mol)
for a in mol.GetAtoms():
    a.ClearProp('molAtomMapNumber')
newsmi = Chem.MolToSmiles(mol)
mol2=Chem.MolFromSmiles(newsmi)
mol1=Chem.MolFromSmiles(smi)
mols = [mol1,mol2]
Draw.MolsToGridImage(mols,molsPerRow=2,subImgSize=(400,400),legends=['' for x in mols])

输出：

4. 如何删除分子中atomMapId 信息？

示例代码

smi='[CH3:1][C:2]([N:4]([C:9](=[O:10])[CH3:8])[CH2:5][CH2:6][NH2:7])=[O:3]'
mol=Chem.MolFromSmiles(smi)
[a.ClearProp('molAtomMapNumber')    for a  in mol.GetAtoms()]
Chem.MolToSmiles(mol)

输出：

'CC(=O)N(CCN)C(C)=O'

5. 如何关闭RDKIT warnings警告？

from rdkit import RDLogger
RDLogger.DisableLog('rdApp.*')