RDKit简介

RDKt 是非常强大的化学信息python工具包。 [An overview of the RDKit]

在2019-ncov期间，2020-02-03 对该文档进行了翻译！

RDKit是什么？

开源的化学信息工具包

• 采用了商业友好的BSD协议
• 核心数据结构和算法用C++实现
• 通过Boost.Python技术对RDKit进行封装，提供Python2/Python3的接口
• 通过SWIG技术提供Java 和C# 接口
• 提供了大量对化学分子2D/3D的计算操作
• 生成用于机器学习的分子描述符
• 基于PostgreSQL搭建分子数据库
• KNIME中的化学信息计算支持（https://www.knime.com/rdkit）

RDKit其他信息

• RDKit官网： http://www.rdkit.org
• 支持多种系统：　Mac/Windows/Linux
• 版本发布周期： 6个月
• Web上的资源
  • 官网： http://www.rdkit.org
  • Github:(https://github.com/rdkit)
  • Sourceforge (http://sourceforge.net/projects/rdkit)
  • 博客： (https://rdkit.blogspot.com)
  • 教程： (https://github.com/rdkit/rdkit-tutorials)
  • KNIME和RDKit的集成 (https://github.com/rdkit/knime-rdkit)
• 邮件列表： https://sourceforge.net/p/rdkit/mailman/
• 社交媒体：
  • Twitter: @RDKit_org
  • LinkedIn: https://www.linkedin.com/groups/8192558
  • Slack: https://rdkit.slack.com（需要加入的话，联系Greg）

• 教程：

  • 1. “Getting Started width the RDKit in Python”,
  • Greg Landrum’s RDkit blog,
  • and a particularly nice example from the ChEMBL-og.

发展过程

• 2000-2006: 为了建立ADMET、生物活性等性质的预测模型，开发了相应的工具。
• June 2006: 发布该工具（BSD license）
• 至今: 诺华内部支持继续更新和完善该软件，并对社区开源。

和其他开源工具整合

• KNIME:工作流程和分析工具
• PostgreSQL: 可拓展关系数据库
• Django：python的web框架 :“締め切りに追われる完璧主義者のためのウェブフレームワーク”
• SQLite：使用最多的数据库，最简单的数据库
• Lucene :文本搜索引擎[#f1]_

使用RDKit的开源工具

• `Open Force Field Toolkit <https://github.com/openforcefield/openforcefield/>’__ - 于直接化学感知的力场参数引擎
• stk - 自动设计分子的python包
• gpusimilarity - 基于gpu的分子指纹搜索工具
• Samson Connect - 纳米系统建模仿真软件
• mol_frame - 为Dask和Pandas 提供处理化学结构的接口
• RDKitjs - JavasScript封装了RDKit的部分功能
• DeepChem - 用于化学领域深度学习的python包
• mmpdb - Matched molecular pair database generation and analysis
• CheTo - Chemical topic modeling
• OCEAN - Optimized cross reactivity estimation
• ChEMBL Beaker - RDKit 和 OSRA 的独立 web 服务
• myChEMBL - A virtual machine implementation of open data and cheminformatics tools
• ZINC - 用于虚拟筛选的可购买化合物开源数据库
• sdf_viewer.py - sdf 查看器
• sdf2ppt - 把sdf转换成PPT
• MolGears - A cheminformatics tool for bioactive molecules
• PYPL - Simple cartridge that lets you call Python scripts from Oracle PL/SQL.
• shape-it-rdkit - Gaussian molecular overlap code shape-it (from silicos it) ported to RDKit backend
• WONKA - 蛋白配体复合物结构分析和查询的服务
• OOMMPPAA - Tool for directed synthesis and data analysis based on protein-ligand crystal structures
• OCEAN - web-tool for target-prediction of chemical structures which uses ChEMBL as datasource
• chemfp - 快速分子指纹相似性搜索
• rdkit_ipynb_tools - 用于jupyter notebook的rdkit工具
• Vernalis KNIME nodes
• Erlwood KNIME nodes
• AZOrange

Contrib目录

contrib目录位置： https://github.com/rdkit/rdkit/tree/master/Contrib 。 contrib目录，是RDKit发布版本的一部分，包含社区成员贡献的代码。

脚注

Footnotes

[1]	These implementations are functional but are not necessarily the best, fastest, or most complete.

协议

This document is copyright (C) 2013-2018 by Greg Landrum

This work is licensed under the Creative Commons Attribution-ShareAlike 4.0 License. To view a copy of this license, visit http://creativecommons.org/licenses/by-sa/4.0/ or send a letter to Creative Commons, 543 Howard Street, 5th Floor, San Francisco, California, 94105, USA.

The intent of this license is similar to that of the RDKit itself. In simple words: “Do whatever you want with it, but please give us some credit.”